unravel.image_io package

• unravel.image_io.h5_to_tifs module
  • Usage:
  • parse_args()
  • find_largest_h5_file()
  • load_h5()
  • metadata_from_h5()
  • save_as_tifs()
  • main()
• unravel.image_io.img_to_npy module
  • Usage:
  • parse_args()
  • main()
• unravel.image_io.io_img module
  • Usage:
  • parse_args()
  • main()
• unravel.image_io.metadata module
  • Usage for when metadata is extractable:
  • Usage for when metadata is not extractable:
  • parse_args()
  • print_metadata()
  • get_dims_from_tifs()
  • main()
• unravel.image_io.nii_hd module
  • Usage:
  • parse_args()
  • main()
• unravel.image_io.nii_info module
  • Usage:
  • parse_args()
  • nii_axis_codes()
  • main()
• unravel.image_io.io_nii module
  • Usage:
  • parse_args()
  • convert_dtype()
  • main()
• unravel.image_io.nii_to_tifs module
  • Usage:
  • parse_args()
  • nii_to_tifs()
  • main()
• unravel.image_io.nii_to_zarr module
  • Usage:
  • parse_args()
  • nii_to_ndarray()
  • save_as_zarr()
  • main()
• unravel.image_io.reorient_nii module
  • Usage:
  • parse_args()
  • transform_nii_affine()
  • reorient_nii()
  • main()
• unravel.image_io.tif_to_tifs module
  • Usage:
  • parse_args()
  • find_largest_tif_file()
  • load_3D_tif()
  • metadata_from_3D_tif()
  • save_as_tifs()
  • main()
• unravel.image_io.zarr_to_nii module
  • Usage:
  • parse_args()
  • zarr_to_ndarray()
  • define_zarr_to_nii_output()
  • save_as_nii()
  • main()
• unravel.image_io.points_to_img module
  • Usage:
  • parse_args()
  • threshold_points_by_region_id()
  • load_and_prepare_points()
  • points_to_img()
  • main()
• unravel.image_io.img_to_points module
  • Usage:
  • parse_args()
  • img_to_points()
  • main()